A4版2枚の資料を２アップして、A4版１枚の資料にして保存したいです。

ページ同士を結合して保存する直接的な機能はないと思います。

まず、IllustratorやInDesignをお持ちならば、

そちらに縮小配置してPDF生成する方法が挙げられます。

Windows版であれば、以前にご質問された内容の応用的な話ですが、

印刷メニューでAdobe PDFプリンタードライバーを経由して

再度PDFを生成する方法があります。ただ、あまり得策ではないかもしれません。

複数ページのPDF資料を表紙と目次はA4版縦、以下内容を2UP両面で一括印刷したい。

根本の話を覆してしまい申し訳ないですが、PDFを編集・縮小等を行って

保存するメリットがあまりないように思われるのですが、

どのような理由で処理を行いたいのでしょうか。