acrobat distillerでpdfを作成

「見た目では認識できない」というのがよくわからないですが、

目視レベルでも、そこにアキが存在するように見える、ということはないでしょうか。

PDFデータの場合、データ生成方法によってはスペース自体がデータ内には含まれないことになるうえ、

Acrobat自体が自動的に認識して、「空いている場所に自動的にスペースを入れる」ことをしてしまいます。

今回の場もそれではないかと思います。

（特にPSファイル内には通常は文字座標だけでスペースまで含まれないことが多いため）

利用目的が不明瞭ですが、もともとそういうもの、という前提も出てくると考えましょう。