Indesignのリンク先に設定したアンカー名称のあとに数字をふられないようにしたい

数字の件、InDesign上では方法はありません。それ自体がハイパーリンクの挙動を示す情報であるためです。

ごくせこいテストで、ハイパーリンク設定の「ズーム設定」だけ他のものに変えてPDFを書き出すと、例の数字も全くちがう物になります。

意味がわからないものは得てして邪魔なものとしてとらえられがちですが、これはリンクを成立させるための必須情報なのです。

>PDF上のリンクを貼った移動先を一括でテキストデータとして書き出す方法

これについてはAcrobatフォーラムの住人を頼ったほうが的確な回答を得られると思うので、

よかったらこのままスレッドをAcrobatのほうに移動します。いかがでしょう。