JPEGをPDF変換するとページサイズが拡大される現象について

確認してみましたが、OS環境・書き出し元のIllustratorバージョンは関係ないようで、Acrobat側の影響のようです。
Acrobatが解像度を72ppiとして決め打ちにしているのが今回の影響と想定されます。
暫定対応でいえば、単独フィックスアップでサイズ処理すれば、意図するサイズへの処理は可能です。
（A4への拡大/縮小は、プリセットで用意されています）

ただ、根本的な話になってしまいますが、JPEGファイルにしたうえでPDFにする理由が不明瞭です。
Illustratorであれば直接PDFにできる、という点があるためです。
もし編集性を失わせるということであれば、Illustrator上でラスタライズして対応することもできるとは思います。

MacOS X10.9.5/ AI CS6 / Acrobat Xの環境で検証できる機会があったので、

その報告もかねての追記です。

同一データを（CS6に下位保存）AI CS6にて300dpiでjpegに書き出し、

Acrobat XでPDF変換してみましたところ、実寸サイズのまま拡大されず変換できました！

これはIllustrator側の問題なのかもと思ったのですが、CS6で書き出した同じjpegファイルをAcrobat Pro DCでPDF変換したところ、拡大されて変換されてしまいました…..。

やはりAcrobat側の方の問題なのでしょうか。