MS明朝が扱えない

自己レスですが、「WordでMS明朝を埋め込んでWordでPDFに変換するとMS明朝もPDFに埋め込まれている文章」Acrobat DC Proで開くと文字化けしないで読めてプロパティで見るとMS明朝もPDFに埋め込まれています。

Acrobat DC Proで作ったPDFだけが文字化けします。

Mac版Officeでは2016以降、Office付属フォントはシステムとしては見えない状態になったので、Acrobatでは参照できないことからエンベッドできない状態になるのだと思います。

それ以外の、ヒラギノなどのシステムフォント類であればエンベッドできると思いますので、一度試してみてください。