PDFからPhotoshopを使って画像の編集後ページが入れ替わる

おそらくAcrobatの編集機能から画像を抽出してPhotoshopに受け渡して処理していると思います。

ただAcrobat Xという古いバージョンという性質上、それがもし不具合であっても修正されることはもうありません。

セキュリティサポートも終わっていますから、利用自体にリスクがある、ということになります。

運用上の回避だけでいえば、スキャンした時点でPDFにするのではなく、TIFFなどにしてPhotoshopで修正、

その後AcrobatでまとめてPDF化することになってくると思います。