PDFに変換すると文字飛びが発生

最小限で確実に再現する手順が分からないままでは、的確なアドバイスは期待しないほうがいいでしょう。

新規作成から始まって「こうすれば確実に再現します」という手順を示して、同じ環境下にある人が確認できるものにすべき。

＞ 特殊なフォントは使用していません。
文字飛びする該当部分のフォントの種類を確認しているのでしょうか？

作成されたPDF文書で、文字飛び個所に何があるのかを確認したのでしょうか？

Wordのレイアウトに特徴は？ 表とか罫線とか図とか・・・。

PDF文書プロパティのフォントタブで、使用されているフォントの種類を確認しているでしょうか？

PDF化する際の詳細設定の中身は？

PDFMaker（Wordのアドイン）でやってみるとどうなるのであろうか？

文書番号:230355
Word から PDF ファイルを作成する際の推奨事項 （Windows 版 Acrobat 8）