PDFを開くときに「すべてのツール」を開かないようにしたい | Acrobat

それだと，もしかしたら謎の「新しいAcrobat」かもしれないですね。

その場合は左上の角にある三本線（ハンバーガーメニュー）より，新しいAcrobatを無効にすれば以前のインターフェイスに戻るはずです。

そのうえで，r_sato_rさんが書かれているように「ツールパネルの現在の状態を記憶」にチェックを入れてお好みの状態にすれば，それが維持されると思います。

（「各文書のツールウィンドウを開く」というメニューはなくなりました。また，IllustratorからAcrobat Readerの設定を変更することはできません）

新しい Acrobat エクスペリエンスについて 

同じAdobeIDを使用して他の端末でAcrobat製品を使っている場合，環境設定＞アドビオンラインサービス＞設定を同期はOFFにしていたほうがよいかもしれません。