PDF比較機能のAPIの有無について

どのレベルの比較が必要なのかにもよりますが、データ構造上の問題より表示上どの様に変化したかを知りたいのであればビットマップに落として差分を取るような方法は比較的簡単に実現できるでしょう。また、PDFは仕様がオープンにされているので取り扱うソリューションというのは山のようにあります。多くはデモを利用できるかと思いますので、そういったものもうまく利用しながら検討すると良いでしょう。

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Acrobatにおけるファイル比較機能はプラグインにて提供されるものです。このプラグインのAPI対応はまちまちで、全てが網羅されません。ざっと俯瞰したところ関連するAPIは無さそうです。
また、それなりの規模の製品ですから某社が受託するかどうかは別として、それに対する機能追加を有償でとなるとどれほどの負担となるかは推して知るべしでしょう。PDFの仕様自体は規格化されていますので、構造の比較を実装することは可能でしょう。しかし、それなりの規模のコードになるのは必至です。そういった事を勘案するとサードパーティー製のツールやサービスなども検討する必要があるでしょう。