QRコードの置換を行うと画像が黒くなる

情報ありがとうございます。

同じテンプレートを使って試してみたところ、同じ症状になりました。

なにか不具合が起きているのかもしれません。
代替案としてはQRコード画像を置換ではなく読み込んで、テンプレート上のダミーのQRのサイズに縮小してから入れ替えるのが良いでしょう。

上記の方法で配置したQRコードは、その後別のQRコードにも置換可能でしたので、テンプレートのダミーQRコードがなにか特別な状態になっているのかもしれません。

Adobe Express上でQRコードを作成できる「Quick QR Code」というアドオンもありますので、そちらで作って配置、というのもおすすめです。

追記：エキスパート仲間から教えてもらいましたが、このテンプレートのダミーQRコードには「効果」がついていました。これをなしにすると問題なく置換できるようになります。