AOVのコンポジットについて

CGのコンポジットはNukeを使用しており、かつ普段はArnoldを使用していないので正確には答えられないのですが…

基本的には、diffuseをベースにして、その上にspecularを加算、あればその上にrefraction(transmission?)やsssを加算で重ねていきます。
背景から分離されてるオブジェクトをレンダリングしているのであれば、フリンジ除去のために一番上にアルファを置いてステンシルアルファでくりぬき（diffuse、specularなど各要素にはチャンネルシフトを入れてアルファをフルオンにする）という形になります。
directとindirectはそれぞれの要素を細かく調節したいときに使用します。direct_diffuseの上にindirect_diffuseを加算してdiffuseを作ります。他のパスも同様です。
真っ暗な部分からスタートして光を足して元の画像を再構築するイメージなので、基本は加算で重ねていくと考えてよいと思います（ただしアンビエントオクルージョンなどの影的な追加要素は乗算で重ねます）

あとプロジェクトは色深度は32bit、カラーマネジメントonにして作業用カラースペースをリニア化にチェックを入れないと加算が変になっちゃうんじゃないかなと思います。

MAYAを使ったことがないので、AOVとは何かわからないのですが、全てのパスが一つのファイルに埋め込まれている形式ですか、それともパスごとにファイルが分かれているのでしょうか？

パスを合成するコンポジットについては、下記リンクの下部にあるサンプルファイルをダウンロードして開いてみると参考になると思います。（プラグインはダウンロードしなくてもAfter Effects標準のエフェクトで対応できます）
OpenEXR plug-ins for After Effects 

AOVのファイル形式がOpenEXRの場合は、サンプルのようにエフェクトを使用して各パスを抽出するようになっています。