Photo Shopを読み込みしても正しくAfter Effectsに読み込まれない

「ミ」については、マスクの設定が原因になっていました。
「減算」を「加算」に変更すれば修正できます。

1文字づつ移動するアニメーションを作成する場合は、先の回答のように1文字づつグループにして下さい。

参考ですが、
２Dで作成する３D風テキストや金属のテキストなどは、After Effectsの３D機能で作成した方が手間が少なくて良いと思います。

確認していませんがパターンを使い回すこともできると思います。

また、アニメーションにする場合、動きが限定されたりレイヤースタイルを適用したレイヤーを回転させると影の方向もおかしくなります。

関連する記事のリンクを貼っておきます。
立体的な四角の作成方法 - Adobe Community - 14375796 

この動画のテロップは今ならどう作ればいいでしょうか？ - Adobe Community - 14371406 

ご質問の３層になっているテキストを作成する場合は、サードパーティーのプラグイン、または、Adobe Dimensionをインストールすれば作成できます。
Adobe Dimensionは、CCコンプリートプランに含まれています。

Dimensionの場合、テキストを複製して並べる方法になります。

（＊スクリーンショットはSubstance 3D Stagerを使用しています）

1文字づつアニメーションする場合は、マテリアルの設定をしてからテキストを1文字に書き換えてからシーンを書き出します。

3個のファイルをAfter Effectsに読み込んで移動や回転などの動きを付けます。

スレッドをAfter Fffectsフォーラムに移動しました。

こちらで助けてもらってください。

なにか参考にされたサイトや書籍、動画などあれば知らせてもらったほうがいいかもしれません。