Mac版 Cleative Cloud Files 内のファイルが消えた

macOSの場合、新たにローカルに作成されるフォルダは不可視フォルダとなっているようです。新しいフォルダは確認できていますか？
ファイルをコピーしたりする過程でOS側に一部の処理情報がわたったということかもしれません。
こちらでも数台確認しましたが、CreativeCloudFilesフォルダは空になって新規に生成されたフォルダに移動した形となっていました。
同期ファイルのダウンロード期限が３月の頭でしたから、各アカウントの同期ファイルのアーカイブが順次削除されているタイミングです。クラウド側の処理に応じてローカル側での処理が行われたのかもしれませんが、詳細は公開されていませんので、あくまでも類推した情報です。
まずは新たに作成されたフォルダとその内容を確認してみてください。