うまくexcelに変換できません。6ページ分のＰＤＦが2,400ページ分のエクセルに変換されてしまいました。

何の製品の話かわかりませんので、Acrobatの書き出しやAdobe PDF Exportのことだと仮定します。

Excelにはページ概念がないはずなので2400ページという数値がどこから来ているのか不明ですが、

別形式への変換はベストエフォート型になり、データ状態に依存します。

書き出し後に意図しない部分については必要に応じた修正を行うことになります。