フォントで表示できる文字を追加したい。

Open Type Featureを忘れていましたね。ありがとうございます。

monokanoさんの指摘の通りCSSで指定可能です。

個人の要望によって一般に流通しているフォントのグリフが変わってしまうと、他の人が書類を開いたら作成時と違う状態になってしまっているなど大変な混乱が生じることになります。という事でそういった要望が受け止められる可能性は皆無です。
ところで、この「祇」の「字体はいわゆるJIS2004字形に該当するものです。あなたの出来る選択肢はこのJIS2004字形に対応したWebフォントを選択して利用することです。
例えば末尾にNの付くフォントはJIS2004字形に対応したフォントです。以下にAdobe Fontsでのプレビューを参考までに挙げておきます。残念ながら集英ゴシックは対応していません。