イラストレーター開くたびにツールやウィンドウが消えている

過去の質問の有効な回答を引用して2パターン紹介します。

どちらかで多分直ると思うのですが、

もし直らなかったら、

ワークスペースの保存＆呼び出しをお試しください。

>現在のパネルのサイズと位置を名前の付いたワークスペースとして保存しておくと、パネルを移動したり閉じたりした後でも、そのワークスペースを呼び出すことができます。 

>ウィンドウ／ワークスペース／ワークスペースを削除を選択し、ワークスペースの名前を入力します。

>保存したワークスペースの名前は、アプリケーションバーのワークスペース切り替えコントロールに表示されます。

Q. illustrator2020ワークスペースがリセットされる

A. monokanoさん

ワークスペース設定保存ファイルの置き場所が、アクセス権書き込み不可になっているのかもしれません。

Illustratorを（設定削除ONで）アンインストールし、再度インストールしてみてください。

Q. ウィンドウ／ワークスペース／ワークスペースを保存　が利用できません

A. monokanoさん

おかしいなと思ったら（Windows 版 Illustrator CC）

こちらの「B. 環境設定ファイルの再作成」を試してください。

• Illustrator の環境設定ファイルのみ再作成
• Illustrator の環境設定ファイル全体を再作成

この２種類書かれていますが、「全体を再作成」の方が確実です。