コピー元のレイヤーにペーストの不良

OSのバージョンは何でしょうか。それがわかると，ここを閲覧した同じ環境のユーザが検証できるのでおすすめです。

環境設定ファイルの再作成（Settingsフォルダをデスクトップ等に移動させて再起動）などはお済みでしょうか。

（参考）

【質問テンプレート】コピペして使ってください 

おかしいなと思ったら（Illustrator） 

macOS Ventura 13.7.5
Illustrator 2026 (30.0.0)

再現しませんでした。
「コピー元のレイヤーにペースト」は正常に機能していました。