突然GPUが使えなくなる

具体的なOSバージョンの記載は欠かせないところです。

（できるだけ質問テンプレートに沿うことをおすすめします）

macOSの場合、グラフィックドライバーがOSのアップデータで更新されるので、古いOSバージョンの場合は影響することはあります。

あとはIllustratorとOSバージョンとの組み合わせも関わり、動作保証されている環境かどうかなども関与する場合はあるところです。

（Windows環境だとドライバーはGPUチップメーカー提供での更新だったりWindows Update経由で更新されるので、macOSとはその仕様・処理が異なるところです）

どの様な作業中にGPUが使えなくなるのか具体的にわかりますか？
3D機能などの中には大量にメモリを消費するものもあり、利用状況によってはメモリが圧迫されます。現在のMacはGPUメモリをメインメモリから割譲しますから、アプリケーションの起動数やデータ構造によっては16GBでは厳しい状態になることも考えられます。