グリッド上に新たな文字ボックスを置くと、行間が元のグリッドにあわせられてしまう

端的にはmonokanoさんの言うとおり、グリッドに従いたくない段落のグリッド揃えを「なし」にすればよいです。

脚注のテキストフレームを別に用意しているのなら、テキストフレーム設定 で「カスタムのベースライングリッド」を設定することでもうまくやれるかと思います。

今回示唆しておきたいのは、行送りに関わるグリッドには

・ベースライングリッド

・フレームグリッド

・カスタムのベースライングリッド

の三種あるということです。↑の並びで、下に行くほど優先されます。

それぞれ把握して使い分けましょう。

あるいは、人から受け取ったデータの場合はどのグリッドに揃えられているかの理解も必要になるという話です。

行中にアンカーテキストボックスを置いていらっしゃるのですよね。

インラインでなく、カスタムを使われると、好きなところへ置けると思います。

リンク先ではグラフィックフレームを使っていますが、テキストフレームでも同じです。

https://study-room.info/id/studyroom/cs2/study14.html