データ欠損

リンクされているデータの場合は、元データそのものに影響があるようなことはありえません。

katayanagi51さんも仰ってるように、情報として必要なものはあるにしても、原則としてそこは変わりありません。

ですから何をして欠損としているのか、を明確にすることが必要です。

補足：

埋め込みの場合だとしたら、それ自体が影響することはあります。

ただし通常は特別な理由がない限りは埋め込みする必要もなく、メリットもあまりないといえます。

（再編集が必要なケースを考えると埋め込みするほうがいろいろ面倒だと思います）

質問文の情報量では，原因を言い当てることは難しいと思います。

少なくともOS，InDesign，Illustratorのバージョン情報は必要ですし，例えばそれぞれのドキュメントのデータサイズや，発生頻度（必ず欠損するのか，特定のファイルだけなのか等），欠損具合・様子（どのような欠損なのか，保存した瞬間に欠損するのか等），パソコンのスペック，常駐ソフトの有無など，必要かもしれない情報もたくさんあります。考えられる限りの情報を提示しましょう。
わたしは聞いたことがないのですが，もし有名なバグであれば何方かが回答されるはずなので，それを待ってみるのもよいかもしれません。