ノンブルがおかしい。。。

一致しない範囲の最初のページでセクションが切られていませんか？

もし切られていたら、そのページの「セクションとページ番号」の設定を確認して下さい。

特定のファイルだけ、ということでしょうか。

新規ファイルでもおかしいという場合は環境設定のリセット等を行うことになります。

特定ファイルだけとなると、ページパネルでどのような設定になっているか、複数セクションがある場合はそのあたりの設定も影響することになるところですので、要因を切り分けていくしかないようには思います。

例えばノンブルだけの新規ドキュメントでも一致しなくなるとか，特定のファイルのみで起きる現象であるとか，同じページ番号が連続して出現するとか，なにか不具合の特徴はありますか？

念のため使用環境（OSのバージョン，InDesignのバージョン）などの基本情報もお願いします。