ハイパーリンクについて

indesignで1500ページほどあるデータを作成しています。重いため現在は100ページ程度に分割して15個分のデータを作り、のちにPDFを結合するのですが、PDFに書き出すとハイパーリンクが一部しか機能しません。

例えばA.inddというひとつめのデータにある目次にハイパーリンクを設定しているのですが、A.indd内のページには飛べますが、その他のB.indd、C.inddなど、分割したファイルのハイパーリンクが機能しないのです。

もちろんindesign内では機能しています。

Acrobatでのハイパーリンクだと手動でドラッグするためリンク部分が均一にならないことと、数が膨大にあるため、その方法は避けたいです。

どなたか解決方法をご存知の方がいらっしゃいましたらお教えしていただけると幸いです。