フォント置換すると正体が反映されない

monokanoさんの仰る通りですけど、実際の字形として下記になります。

例として使っているフォントは小塚明朝 Pro Rと小塚明朝 Pr6N Rです。

またWindowsの場合はVista以降からは標準がJIS2004準拠の字形になっています。

あわせてですが、CC 2017でも、デフォルトフォントは小塚のPr6Nだとは思いますから、

その時点ではJIS2004に準拠しての表示になるはずです。

あとは今回利用しているフォントが何か、というのはあります。

フォントによってはJIS90のみということもありますから、その場合には対応できない場合があります。

monokanoさんが仰ってるのはOpenTypeフォントの種類としての話ではあるのですが、

すべてがNつきのJIS2004準拠ではないですし、TrueTypeの場合ではJIS90のみやJIS2004のみということもありえます。