ブックレットをプリント

状況が少々読めないのですが、配置しているページ全体、または個々のオブジェクトがずれるということでしょうか。

OS環境が異なりますが、Windows 10+CC 2017.1において、A4左開きのファイルを作成し、

マスターに塗り足しありオブジェクトとノンブルを配置し、それを12ページとして配置した後、

ブックレットのプリントを使って、見開き-中綴じで、A3用紙サイズを指定してPostScriptファイルに書き出しし、

Acrobat Distiller DC（17.9.20044222436）で、プレス品質でPDFを作成する限りはずれることはありませんでした。

できれば新規の状態、途中の状況などももう少し具体的に書いてみてはどうでしょうか。