ページをまたいだ一括変形について

ページパネル＞メニュー＞ドキュメントページの移動を許可
のチェックを外すと、一つのスプレッド内に10ページまで配置出来ます。

この様に一つのスプレッドにページを移動した後

１つ選択して、変形と移動を行い
同じ変形と移動をさせたい（スプレッド上の）オブジェクトを選択して
オブジェクト＞変形を再実行＞変形シーケンスを個別に再実行。

というのはどうでしょう？
一つのスプレッド内に10ページまでしか配置できないようですので
10ページづつになりますが・・・・

全てに対して変形等を行った後

ページパネル＞メニュー＞ドキュメントページの移動を許可
をチェック。
各スプレッドの現在のページ数を維持しますか？
と聞いてくるので「いいえ」を選びます。

スクリプティングタグをチェックしたということはそういうことですよね？

var pg = app.activeDocument.pages
for (var i=0;i<pg.length;i++){
pg[i].rectangles[0].pdfs[0].horizontalScale = 80;
pg[i].rectangles[0].pdfs[0].verticalScale = 80;
pg[i].rectangles[0].fit(FitOptions.CENTER_CONTENT);
}

ベーシックなところから始めましょう。

各ページに１つPDFが配置されているとします。PDFはグラフィックフレームに配置されますからこれもrectangleだと仮定しています。

で、その中のpdfsのプロパティを色々替えてやれば色々出来るわけです。今回のものは水平と垂直変形を80%とした上でPDFをセンターに移動しています。その他geometricBounds等でも調整できるので適宜書き換えると良いでしょう。

どの様なプロパティがあるのかはpropertyExplorerを利用すると手早く調べることが出来るでしょう。