上付き、下付きのショートカットが効かない

Windows版（Windows 10）で確認しましたが、もともと登録されているショートカットが「=」を含むものなので、

直接押せないことから有効にならないのだと思います。

手間はかかりますが、ショートカットをカスタマイズして、

適宜編集・別割り当て（テンキー側の-を使って、Shift+Ctrl+num -/Shift+Alt+Ctrl+num -など）を

行うしかなさそうな気がします。