入力していないハイフンが出現しました

解決されていないようですので…

そのハイフンを選択して、情報パネルでご確認ください。

なにか別のコードが入っていませんか？

現れたのはInDesignによる自動ハイフネーションでしょう。
自動ハイフネーションは「ハイフネーション」のチェック以外に
言語（文字パレットの一番下にあります）が「英語」等に
なっていないと有効になりません。
元の段落は中ゴシックということなので、言語が「日本語」に
なっていると、自動ハイフネーションは働きません。
そこにおそらく書式を保持した形でWordから読み込み、Arialの文字列の
言語が「英語：米国」（うちではこうなりました）等になることで、自動
ハイフネーションが働いたということだと思われます。
再試行の際に現れなかったのは、読み込みの形式が違ったのでは
ないでしょうか？
書式を保持せずに書体が中ゴシック（で言語「日本語」）になっていると
同じ単語でも自動ハイフネーションは働かないことになります。

入力していないハイフンは行末に現れましたか？

行末に現れるのであれば、自動ハイフネーションが効いているのだと思いますがいかがでしょうか。

設定と行長によって分割される場所が変わるので、現れたり消えたりするでしょう。

一般的なハイフネーションとは異なる場所に自動ハイフンが現れた、ということでしょうか。

今回の場合のハイフネーションが、何を指すのかそれだけではちょっとわからないためです。

またフォントやレイアウトが異なれば、自動改行の位置は変わりますし、ハイフネーション位置も同様かつ設定にも依存します。

自動ハイフンの場合はMicrosoftの辞書とAdobeの辞書では異なるものを採用しているはずなので、その影響もあるとは思います。