多言語DTP（日本語とペルシャ語併記）での日本語設定

assauseさんのおっしゃっているように、日本語版としてインストールを行い、その中で多言語対応段落コンポーザを使う、というようにしないと、日本語用に作られた機能が一切使用できなくなります。

おっしゃっているような「縦中横」「ルビ」などはまさにその機能です。

どのように混在させているかにもよるのですが、ペルシャ語部分と日本語部分が完全に切り離されているようなレイアウトであれば、アラビア語の部分はアラビア語でそのまま作ってしまって、後から日本語版を再インストールして日本語部分のレイアウトを作り、アラビア語のドキュメントをその中に貼っていくといいのではないかと思います。

InDesignは、InDesignのドキュメントを他ドキュメントに貼ることができますので、

もし日本語版上の多言語対応コンポーザでアラビア語がうまくコントロールできない場合は、OS上に別のユーザーアカウントを作って、そちらに別言語対応版をインストールするなどの操作が必要になるかもしれませんね。