後注挿入時の挙動について

後注を挿入すると、本文側にはマーカーとなる文字が挿入されます。この文字がわずかながら幅（縦組みだと高さ）を持っているので、その分文字量が増えて1文字はいらなくなるのです。

「つ」と「。」の間にキャレット（文字カーソル）を立てて、Shiftキーを押しながら上下の矢印キーを押すことで選択できるはずです。

気になるのであれば選択した状態でトラッキング（私の場合-300でした。フォントや文字サイズで変わるかもしれません）をかけてやれば文字が入ってきます。

1つずつ行うのは面倒でしょうから、検索と置換で一気にトラッキングをかけることができますので、参考にしてください。