指定カラーのみのpdf書き出しは可能でしょうか

プリフライトの設定は以下の様な感じです。この設定では指定したプロセスカラーを特色Whiteに変換します。
これが基本なので、各版をを特色に移したりCMYKに変換することで必要なものを抽出可能です。細かいことを言えばプロファイルの問題が絡んでくるのですが、その辺りを突き詰めるとやはりプリンタードライバーのセットアップは必要ではないかと思います。とりあえず分版は出来ますので参考まで。

もしmacOSでAdobe PDFプリンタードライバーがない場合、PostScriptファイルに書き出し、それをAcrobat DistillerでPDF生成を行ってみてください。

行っていること自体はmatsumoto_pさんの方法と同じで、InDesignとPDF生成を別々に行うことになります。

もしAcrobatを契約してない場合はこの機会に導入を行いましょう。

生成した印刷データ用PDFのチェックとしては、Acrobat Proは事実上必須ともいえます。

プリントからのPDF出力で色分解できると思います。

PDFの用途によっては細かい設定が必要かもしれません。