画質を保ちながら書き出し時の容量を減らしたい場合、ppiを下げるか、画質を下げるかどちらが最適なのでしょうか

PDFでの「JPEG」は、内部の画像の圧縮ロジックに何を使うかと言うことです。
ここではJPEGのロジックを使うことになっていて、そのときに画質を選べるのですが、高いと圧縮率が下がり、低いと圧縮率が上がります。

どこまで画質の荒れを許せるかと言うことになりますから、それはご自分で試してみてきめるしかありません。

スレッドを乱立されているようですが、すべて同じ目的（Web用ポートフォリオ）ということでよいでしょうか？

今回の質問の場合、「画質」「解像度」が配置画像だけを指すのか、ドキュメント全体を画像（jpeg）で書き出すことを想定しているのかわかりにくいですが、おそらく後者ですね？

ドキュメント全体をjpeg書き出しした場合、画像以外の文字や図形なども画像になってしまう（ラスタライズ）ので、閲覧者が「おっ」、と思ってズームしたとたん文字がガビガビになって「うわ」ってなりますよ。

それを承知でということでしたら、解像度は72ppiです。それ以上は無駄に重くなり、それ以下は原寸表示でも汚くなります。

画質は、まず標準ぐらいで。それを見て自分で「きたねえ」と思ったら最高画質で。それで「容量でけえ」と思ったらその中間ぐらいで。

誰かに言われた通りにやって、自分の印象や感覚をあとまわしにするようでは身に付かないので、いろいろ時間をかけて試すのをおすすめします。

一般論としては、バナーなど拡大表示しないもの以外では全体をjpegに、というのはやらないほうがいいです。

PDFとどっちが軽くなるの、については、デザインの内容しだい、それぞれの設定しだいです。がちゃがちゃした絵柄だと重くなりがちです。

PDFとJPEGでは、画像の持ち方が違いますので一概に比較はできませんが、InDesignからなら通常はPDFかと思います。

JPEGでは文字などのベクターデータが全てラスタライズされてしまいます。

PDFで書き出す場合は、画質という概念はありません。「画質」が出てくるキャプチャを付けてもらえると、その「画質」が何を指しているのかもっとよく分かると思います（もしかしたらJPEGの圧縮率に関わる画質のことでしょうか？そうだとすると、それはJPEGのときだけ関係があるものです）。
PDF書き出しの場合は、使用している画像のppiをコントロールすることができるので、そこでサイズを調整することになるでしょう。