自動ページ番号の解除方法

・何がなんでもInDesignのネイティブデータでなければならない

・必要なページだけを抽出しなければならない

ということであれば、別にInDesignドキュメントを作って、必要なページだけをそのドキュメントに貼るということも考えられますね（トンチのようですが）。

InDesignドキュメントに他のInDesignドキュメントを貼れるからこその運用ではありますが…

編集データの下版段階での大幅な構造変更は事故を誘発します。

ネイティブで欲しいというのなら、各変更点を反映した全体データを再度引き渡すべきでしょう。

アウトライン化も一部のグリフが消失する可能性がある為やってはいけません。

なんにしろ、再度入稿先と詳細を話し合って下さい。意図が正しく伝わっていない可能性があるように思います。

ノンブル（自動ページ番号）もテキスト変数の一種なので、「変数をテキストに変換」でいけたと思うんですが、やったことはありません。

InDesign でのテキスト変数の作成と編集

普通はそんな運用しないからです。

危険すぎます。

削除した前のページに連結フレームがあれば本文がズレて流れ込みます。

同様に箇条書きテキストがあれば番号がズレます。

ノンブルだけの問題であれば、必要なページだけ残したあとに開始ページが元のページ番号になるよう設定し直した方がいいでしょう。

なんにせよ事故る予感しかしないのでまったくおすすめできません。

確認なのですが、PDFを書き出す時に要らないページを削除してたりしますか？

そんなことをするより、PDFを書き出す際にプリントする時のように書き出し範囲を指定してPDFを作成して下さい。