CS6のデータをCC2017で開いた際の不具合について

●テキストボックスにシアーをかけた状態で透明効果を適用するとPDFを書き出した際に透明効果にエラーが出る(Indesign)

これ、たぶん2018では治ってます。

monokanoさんとかぶりますが、「何々どういう条件下でこれこれの操作をするとこうなる」といった不具合は個人で全て探しきれるものではありません。Adobeも把握しきれていないから修正版としてアップデータが出る訳で。

ですので、現在のフローの中での検査作業の精度をどう上げるか、に注力する方がコスパは良いかと思います。

予想できるエラーについて検証項目としてリストアップしたい

これ、目的はなんでしょうか？ バージョン違いで発生する変化を見つけて、事故防止をするのが目的なら、リストアップはたいして効果がないですよね。

InDesignドキュメントを新しいバージョンで開くと文字化けしたり文字組みが変化したりする可能性がある – ものかの

これは私が書いたブログ記事です。

バージョン違いでどのような変化が発生するのかをリストアップしていますが、書いた目的は注意喚起です。そもそも、バージョン違いで変化することをまったく知らずに気軽にしてしまう人がいるので、こんなに怖いことが起こると注意喚起をしたかったわけです。

さらに、こんなリストを全部把握して変化を見つけるのは不可能であると知って欲しかったのも書いた理由です。

事故防止をするには、差分検出（デジタル検版）で実際に変化した箇所を特定するしかないでしょう。この方にリソースを割くのが筋かと思います。