In DesignのPDF形式での保存について

これは、InDesignで作成したマルチページPDFをmacOSのプレビュー.appで開いたスクショですね。

これはプレビュー.appの表示がそういう仕様なのです、という結論です。

どのアプリでどうやって作ってもプレビュー.appで開けばこのように表示されます。

InDesign側に原因はありません。

一般に、PDFビューワーはページ間隔については制御できない印象です。AcrobatでもAdobe Readerでもです。

また、使うビューワーによって間隔がまちまちになることは避けられません。

見開きを（イイ間隔で）縦に並べた状態で見せたいのであれば、それは見開きを並べた状態を１つのページで作るべきとこ（ろ）です。

こういう8ページものをつくって、見開きPDFを書き出した、と。

できたPDFをInDesignの新規ドキュメント上で「配置」コマンド。

ファイル選択時、「読み込みオプション」にチェックを入れて、PDFのページを選択して配置。

…を、PDFの全ページぶん行い（ラクにできる方法があるにはありますが、見開き4−5枚ていどならわざわざ手で１こ１こやってもいいです）、整列と分布でととのえ。

 （表紙は背景に色を入れなかったので配置後グラフィックフレームに線をつけました）

で、あらためて最終のPDFを書き出す、とか。

AcrobatやAcrobat Readerで見た時はどうでしょう。

また、InDesignから書き出したPDFは印刷用途の利用に使うことが多いとは思いますし、その場合はAcrobat Proでのプリフライトチェックは欠かせないものとなっています。