InDesignからPDFに書き出した目次のリンクを、ページではなく段落にリンクさせる方法

indd上でテキストアンカーを利用します。すべてハイパーリンクパネルで設定します。

1. リンク先の段落先頭に挿入点を立て、ハイパーリンクパネルメニュー「新規ハイパーリンク先...」を選択。
2. 種類「テキストアンカー」にして固有の名前を付ける。
3. 目次の該当箇所を選択し、ハイパーリンクパネルメニュー「新規ハイパーリンク...」を選択。
4. リンク先「テキストアンカー」にして 2 のテキストアンカーを選ぶ。

これでできるはずです。

4 で別のinddファイルのテキストアンカーも（その別のinddも開いておけば）選べます。

>イマイチうまく段落そのものに飛ばないものもある

Acrobat（PDF閲覧アプリ）側の問題なので、InDesignで制御できることではないです。