InDesignで、Shiftキー・optionキーが使用できなくなりました

ajabonさんと同意見なのですが、もしその場合は下記文書を元にしてすべてクリーンナップ後、Adobeアプリケーションは一からインストールし直してはどうでしょう。

過去製品を含む全ての Adobe アプリケーションを削除し Creative Cloud を再インストールする

ちなみに移行アシスタントでの環境移行は便利な反面、プラットフォームやOSバージョン違いによる後方互換性は一切考慮されていないくらいで考える必要がありますし、すでに利用していないアプリケーションの不要な設定ファイル等まで持ってくるという問題があります。

今回でいえば、場合によっては一度OSを完全クリーンインストールし直したうえで、環境自体は一から構築しなおすくらいでもいいかもしれないところです。