Indesignに貼り込むPDFの拡大率（100％以上でも印刷再現性が損なわれないかどうか）

ajabon grinsmithさんが仰る通り＜ベクター＞or＜ラスター＞ってことだと思うので、Acrobatの印刷プレビューから確認されてはいかがでしょう？
画像なら拡大劣化するしラインアートなら大丈夫な気がします。

aiデータでも、実はビットマップ画像配置しただけ、ということもあったりするので、その場合はあくまでも配置されているビットマップデータのデータ状態なりになります。

（拡大で問題がないのはあくまでも純粋なドローデータだけです）

また、aiデータでも、PDF互換がONでなければそもそも出力用の配置ができません。事前にIllustratorで開いて再保存が必要です。

サイズ不足であり、ビットマップデータでしかないのであれば、クライアントとの協議が必要でしょう。

そのデータしかないなら、品質が落ちることを前提に理解してもらう必要があります。

PDFの内容が図形（ベクター）なのか画像（ラスター）なのか、というところで結果は分かれます。図形はいくら拡大してもきれいです。画像は拡大したぶんだけ相対解像度が落ちていくぶん、粗くみえてきます。

PDFの元がaiで、画像を配置していなかったとしても、ドロップシャドウなどの効果はラスターデータとして扱われます。

InDesignに配置してすごく拡大したのがこれ。

また、見た目だけで判断したい場合は、オーバープリントプレビューが必須となります。

オーバープリントプレビューしなかったのがこれ。