InDesign20.5.5を使用しています。過去に作ったデータを開いて、配置したIllustratorのデータを差し替えると、上下反対に配置されます。

コメントありがとうございます。再リンク時に画像サイズを保持にチェックして使用していきます。

コメントありがとうございました。ご指摘いただいたことを見ていた結果、グラフィックフレームが180°になっていた以外、変な設定などは見つかりませんでした。お騒がせして申し訳ございません。ただフレーム調整オプションをよくわかっていなかったので、今回勉強になりました。ありがとうございました。

・「過去に作成したデータ」を前回保存したときのInDesignのバージョンはわかりますか？
・リンクファイルの形式はわかりますか？
・再リンクの前に、差し替え予定のリンクをリンクパネルで確認してみてください。回転の情報がすでにありますか？

・上記のように回転がない場合、反転もされていないか、コントロールパネルで確認してください。
 

ここまでで想像しているのは、
・CS2以前で作成されたデータ（グラフィックフレーム自体にズームや回転の情報がある）
・へんなフレーム調整オプションが設定されている
のどちらかです。

代表でどれかひとつ選択して、
右クリック > オブジェクトサイズの調整 > フレーム調整オプション
を確認してみてください。

これでもし変な設定が見つかったら、上記同様に右クリックから「フレーム調整オプションを消去」してみて、再リンクしてみてください。
これが当たりなら、あとはそのへんの無課金AIに「すべてのグラフィックフレームのフレーム調整オプションを消去するスクリプトくれ」で解決できるのですが。