MacOSのヴァージョンの違いにより、字間に違いがでる。

「CIDベースの文字組を使用」は、CIDフォントのことではありません。この機能を正確に言うと、

「OpenTypeフォントのCID番号で文字組みアキ量設定の文字クラスを決める（ただしAdobe-Japan1のみ）」

こういうことになります。つまり、モリサワなどの日本語OpenTypeフォントに影響する設定です。

気をつけなければいけないフォントの例として、こういうものもあります。

モリサワのPr6/Pr6Nはバージョン違いで文字化けする – ものかの

追記：

小塚フォントもバージョン違いで文字化けします。

直近で最も気をつけないといけないのは、黒ベタ白抜きのアルファベット。

1. CS6付属以降の小塚で「黒ベタ白抜きのアルファベット」を入力する。
2. CS5.5付属までの小塚しかない環境で開くと、そこが文字化けする。

monokanoさん、、ご指摘をありがとうございます。

まさしく游明朝体を使用しています。

MacOSのヴァージョンを、きっちりと揃える必要はなく

・10.10まで

・10.11以降

の「二つにひとつ」で揃えておけばよいというお話、本当に助かりました。

assauseさん、いつもレスをしていただき本当に心強く思っております。

ありがとうございます。

10.11のヒラギノの件、了解いたしました。

また、CIDベースの書体にも気をつけたいと思います。

幸いにも、問題のInDesignファイルにはCIDフォントを使用していないので事なきを得ましたが、今後のために頭に入れておきたいと思います。