PDFを書き出す際に、2色データ（M版＋K版）のM版をC版に変換したい

Acrobatのフィックスアップを作ってみました。

プロセスマゼンタをシアンに置換.kfp

取り込み方

1. Acrobatのメニュー「編集 > プリフライト...」を選択

2. プリフライトパネル右上の「オプション」ボタンを押す

3. メニュー「プロファイルを取り込み...」を選択

4. ダウンロードした「プロセスマゼンタをシアンに置換.kfp」ファイルを選ぶ

以上で、パネルの「取り込まれたプロファイル」に表示されます。

使い方

他のフィックスアップと同じ使い方です。

注意

確認用PDFに限定して使ってください。印刷（納品）用で使うと事故になります。

ざっと作ってみたので不備があるかも？（ロックしていないので編集して直せます）

上記お二人のおっしゃっている通りです。

InDesignでスウォッチを使っているのなら、InDesign上の色は変更が可能ですが、カラーパレットを使っていたりしたらその限りではないですし、リンクデータまでInDesignでコントロールすることはできません。
PDFに書き出してから擬似的に色を変更することは可能ですが、これはあくまで見た目に限るということで運用してください。
以下のリンク先では、プロセス版を特色に置き換える（あくまで見た目）やり方が紹介されていますが、理屈は一緒ですので読み替えてください。

https://www.sanposha.co.jp/blog/index.php?controller=post&action=view&id_post=140

印刷所に入稿する際は、C版をM版にしたい旨申し送りをすれば、ハンコ的にはどうとでもなるのでそれで大丈夫なはずです。

★ajabonさんがおっしゃっているように、ここで回答しているのは善意のユーザーであってAdobeのemployeeである場合はほとんどありません（明らかで重大なバグの場合など、例外的にAdobe内部の方が登場することはあります）。

あなたと同じ立場のユーザーが知恵を出してくれる場所であって、みなさん知識の蓄積により他に困った人が出た時の助けになれば、という考えのもとに活動されています。

そういうことですので、質問する場合は他者への敬意を忘れないようにしていただければと思います。

確認用だったら、ajabonさんご指摘の通りAcrobatのフィックスアップを利用しての色置換がよろしいかと。リンクどうこうとか考える必要ありませんし。

InDesignにプロセスカラー置換の機能はありません。

（※追記：検索と置換の機能にオブジェクトのカラー検索置換はありますが、テキストやリンクには手が及ばないため、今回のケースでは役立たずです）

PDF書き出し後にAcrobat上で色の置換をするぐらいしか手段はありせん。

サポートコミュニティはユーザー同士が助け合う場で、お客様からお金を頂いているAdobeの人がへいこら対応してくれるわけではないので、恐縮ながら、なんというか、最低限のデスマスぐらいは付けた文章作りが望ましいです。