PDF/X4をInDesignに配置し、配置したInDesignからさらにPDF/X4を書き出すと準拠がはずれます。

作成中の一部分としてにPDFを支給された場合、最終形がPDF/X4なのか判明してないと手順に迷ってしまう気がしますねぇ…

リンク元のPDFが支給されたものでないなら，PDF/X-4ではないものに変更するか，InDesignドキュメントをそのまま貼ればよいように思いました。（とんちんかんなことを言っているかも…？）

準拠が外れるというよりも、Acrobatのプリフライトでエラーになってしまう、といったほうが正しいとは思います。

Windows版のVer.18, 17.4, 13.1.1で生成したPDF/X-4データを同一バージョンの新規ドキュメントに配置して再度X-4で生成、Acrobat Pro 22.003.20282でPDF/X-4準拠化のプリフライトチェックをしたら、確かに「文書またはオブジェクトレベルの圧縮されたメタストリーム」としてエラーになりました。

ただ、InDesignなのか、それともAcrobatなのか、それとも両方なのかがちょっと判断付かないところです。

入れ子にすることもエラーの要因にはなりえるのも確かでもあるのですが。

入れ子状態にする目的次第でもありますが、フィックスアップで準拠させることはできるので、取り急ぎであればそうしてしまったうえで、念のためフィックスアップ前のデータと比較チェックし、問題がなければ出力に回すなどで考えたほうがいいかもしれません。