もし確認できればなのですが、空のレイヤーになってしまう同じPDFファイルを
古いバージョンのPhotoshopでみても正常にみられますでしょうか。
古いバージョンで問題なかった場合は、PhotoshopElementsの調子が悪い可能性が高いので
一度以下の手順で、環境設定をリセットして改善があるかを見てみていただきたく存じます。
①PhotoshopElementsを終了します。
②以下の手順で、環境設定情報をリセットします。
Win:
C:\ユーザー\<ユーザー名>\AppData\Roaming\Adobe\Photoshop Elements\16.0\Editor
の中にある、「Adobe Photoshop Elements 16 Prefs.psp」を
「Adobe Photoshop Elements 16 Prefs.old」へリネーム
Mac:
Macintosh HD/Users/<ユーザー名>/Library/Application Support/Adobe/Photoshop Elements/
の中にある、「16.0」フォルダを「16.0.old」へリネーム
③PhotoshopElementsを開いて、PDFを開き直してどのようになるかご確認願います。
上記でも正常に読み込めなかった場合は
一度PhotoshopElementsを再インストールしていただいた方がよいかもしれません。