同一パソコンにCS5とエレメントが独立して使えない！

OS環境が不明ですが、それは拡張子の関連付けとしての話じゃないでしょうか。

それはOS側が、拡張子1つに対して紐づけが原則1つしかできないために起こるものですから、

複数のアプリケーションに対して紐づけすることは原則としてできません。

右クリックなどで明示的にアプリケーションを選択することはできるとは思いますが、

確実なのは各アプリケーションのファイルメニューを使うなどで開くことになってきます。