プロマネを共有すると一部のクリップに異常が起きます。

お書きいただいた内容から、確実な解決策を導き出すのはなかなか難しいのですが、「緊急」とのことですので、返信してみます。

まず問題は2点あるかと思います。

先に

>挿入していたSEがクリップごと消える

こちらについてですが、下記リンク先の内容が該当しませんでしょうか。

データは存在しているのにプロマネにまとまらない - Adobe Community - 15113884  

プロジェクトマネージャーで共有している素材がリンク切れになってしまう - Adobe Community - 15104785  

そもそもプロジェクトマネージャーで収集されていない（ファイル自体が存在していない）のか、ファイルはあるもののリンクが切れているのかなど、エラーメッセージの内容を含めて精査する必要がありそうです。

次に、

>その際、指定のサイズにしているはずのテロップの文字サイズが変わる、

こちらについては、私はあまり得意な分野ではなく、情報を持ち合わせておりません。

原因を探るために、「サイズ指定の数値が変わってしまっている」のか、「数値字は変わっていないけれども見た目のサイズが変わっている」のか、あるいは「フォントサイズの数値はいじっていないけれどもシーケンスのフレームサイズを何らかの理由で変更」していないか、「フォントが置き換わったことで結果的にサイズが変わって見えている可能性」は無いか、など、こちらも詳細な情報を調べてみる必要があるのではないかと思います。