プロトタイプからファイルを復原できないでしょうか？

残念ながら復元することはできません。

共有リンクにあがっているプロトタイプは、リンクしているアートボードが画像としてサーバに上がっている状態です。

そのため、プロトタイプモードで設定したリンク以外のオブジェクトごとの情報は持っていません。

プロトタイプの共有でなくデザインスペックの方は位置情報などは記録としてあがっているため、

テキスト情報を拾ってきたり、再現のヒントになることはありますが、やはり復元できるとは言えないと思います。