プロトタイプのインタラクションのアニメーションが設定できません。

もう解決されているかもしれませんが…

種類をトランジションにしたとき、次のケースではアニメーションの設定が変更できない仕様です

1）トランジションで結びつける二つのアートボードの幅とビューポートの高さが異なる場合

2）ペーストボード上に配置しているオブジェクトにインタラクションを設定しようとしているとき

1については、幅とビューポートの高さを確認してみてください

ワイヤーフレームを書いているときに発生しやすいのは、アートボードのスクロールが「なし」になっていて、同じデバイス向けに作ったはずがアートボードのh＝ビューポートの高さになっているケースです。