【XD】デザイン画面と、実装した画面で大きさが違って見える（実装すると大きく見えてしまう）

プロトタイピングの編集画面上の表示サイズと、最終的に実装されたウェブブラウザでの表示サイズの差異は、気にしなくてもよいという考えでおります。
そもそも、現在の多くのアプリケーションにおける編集画面は、最終的な仕上がりとサイズが一致するように設計されていないと捉えるべきでしょう。
（大昔のDTP黎明期の話ですが、当時のMacのディスプレイは解像度が固定でした。ゆえに、最終印刷物のサイズと近い、いわゆる「WYSIWYG」的なサイズ確認ができたわけですが、ディスプレイの解像度が固定でなくなった時点で、その機能性は終わりました。）

編集画面で表示される大きさがどうであれ、その編集画面内で相対的なサイズが整合されているのであれば、なんら問題がないでしょう。
そもそも、編集画面はズームイン・アウトで表示を拡大縮小できるわけですから。

とはいえ、最終的な大きさをイメージングしながらデザインしたい、クライアントさんと確認したいというのは人の情け。
そこで、例えば「100px × 100px (box-sizing: border-box; width: 100px; height: 100px; border-style: solid; )」の要素を作ってそれを実際のウェブブラウザに表示し、また、同様にXD上で「100 × 100」の矩形のオブジェクトを描画して、ディスプレイでそれらの画面を並べて、大きさの差異を確認しながら作業を進める、というのもアリかと思います。