Asignar Pantone a Ilustración en Escala de grises respetando los porcentajes

No necesariamente tienes que convertir el dibujo a escala de grises para esto, si el dibujo esta a color tambien se puede cambiar, pero el resultado puede ser diferente, te sugiero hacer pruebas.

1. Selecciona los elementos o el dibujo que quieres cambiar

2. Vas a Edit colors - Recolor with preset - 1 color job, te sale una ventana para escoger la libreria que quieras, en este caso debes escoger PANTONE Solid Coated

3. Te sale ya un pantone automaticamente seleccionado delendiendo del color predominante del dibujo, das doble click en la casilla new para escoger cualquier Pantone que prefieras y das ok

4. Este pantone queda automaticamente adicionado a los swatches de tu documento, igual podras seguirlo cambiando cuantas veces quieras.

PD: Acabo de notar que este metodo no mantiene los valores iniciales del documento, interesante descubrir como hacerlo.

Yo uso el programa en Ingles, asi que no se como aparezcan traducidos los menus si el programa esta en Español

You mean assign spot colors to those greyscale objects?

Try Edit > Edit colors > Recolor artwork (watch out for the color scaling options which are in the very tiny arrow right to the new color swatch in the dialog.