Colorear en illustrator motivos de photoshop

Hola. 

Hago ilustraciones utilizando los pinceles de acuarela de Photoshop y las coloreo pieza por pieza en illustrator con el modo multiplicar para que mantenga la transpariencia. Hago el montaje y termino mi diseño en illustrator

Es la única manera que conozco para que mis clientes puedan cambiar los colores desde illustrator

Algunos se quejan de que les salen unos cuadros delimitando cada pieza pero no todos. No se como solucionarlo. Pasa cuando hay un fondo de color

Hay alguna otra manera de hacerlo? Los pinceles de photoshop son más naturales pero necesito poder cambiar el color desde illustrator.

Muchas gracias