Soul-Kanaさん、こんにちは。
まつしゅんさんがコメントされているように、ウェブ上のPDFファイルをダウンロードするには、ブラウザを介する必要があります。
パソコンにインストールされている、Adobe Reader・Adobe Acrobat Pro DCを使って、直接ウェブページからリンクされているPDFをダウンロードすることはできません。
Soul-Kanaさんのご質問の文面から推察するに、ブラウザに追加インストールされている拡張機能「Adobe Acrobat」を使っていらっしゃることと思います。
※Acrobatインストール時に、この拡張機能も合わせてインストールされていたはず。
PDFをダウンロードする手順は、①ダウンロード先のウェブページをブラウザで開く、②ページ中のリンクをクリックする、③ブラウザでPDFが開く、④ダウンロードボタン使ってPDFをダウンロードする
という手順ではないでしょうか？
（この操作ではないのであれば、この先の話が変わってきますのので、ダウンロードする操作を細かく教えてください。）
この手順、ブラウザを介してダウンロードするPDFのファイル名は、ウェブページでリンクされているPDFファイルと同じ名前になります。
例えば、アドビのAcrobatマニュアルのアーカイブページにある、「Adobe Acrobat XI ヘルプとチュートリアル（PDF） 」からリンクされているPDFの場合、
このPDFのリンク先として指定されているURL
https://help.adobe.com/archive/jp/acrobat/XI/acrobat_reference.pdf
の「acrobat_reference.pdf」が、ダウンロード時のファイル名です。
ウェブページ上でのリンクでは、日本語を使わない（アルファベットと数字のみ）のが基本ですので、ほとんどのサイトでダウンロードするPDFファイルは英数字のファイル名です。
お使いのブラウザで、ダウンロードするファイル名の指定を可能にしておけば、PDFファイルのファイル名をご自身で変更できます。
たとえば、Chromeブラウザを使っている場合であれば、次の方法で指定できます。
●Google Chromeでダウンロードしたファイルの保存場所を変更する方法 | できるネット
https://dekiru.net/article/21305/
※「Chrome ダウンロード 保存場所」で検索し、↑のブログ記事を見つけました。ご利用の環境が異なる場合は、ご自身で検索してみてください。
最後に、「ほとんどの作られたPDFファイルにはパスワードがかかってて」の件ですが、ウェブサイトで公開されているPDFファイルのほとんどは、第三者が編集できないように編集ロックがかかっています。
これは、公開したPDFを改変されたり、二次利用されないように、保護をしている目的があります。つまり、文書のセキュリティを強化する目的です。
PDFに対して「パスワード保護ができる」というのが、製品版である「Adobe Acrobat Pro DC」の機能の1つです。
●PDFをパスワード保護する方法 | Adobe Acrobat
https://www.adobe.com/jp/acrobat/how-to/pdf-file-password-permissions.html
ですが、PDFのファイル名を変更するだけであれば、Adobe Acrobat Pro DCでPDFファイルを開き、「ファイル＞名前を付けて保存」メニューを実行し、別の名前のファイルとして保存することはできます。
（PDFのファイル名を変えるだけであれば、OS標準機能で変更した方が手軽だとは思いますが。Windowsであれば、「PDFファイルのアイコンを右クリック＞名前の変更」で変えられます。）
以上、ご参考になりましたら幸いです。
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